Según datos proporcionados por el gobierno federal y confirmados por Fonatur Tren Maya, entre 2019 y 2023 se han talado más de 7 millones de árboles para la construcción del Tren Maya, siendo el Tramo 5 el más impactado. Este tramo, que abarca desde Cancún hasta Tulum, ha visto la tala de 3 millones 505 mil 908 árboles, mientras que en el Tramo 6 (Tulum a Chetumal) se derribaron 2 millones 670 mil 190 y en el Tramo 7 (Chetumal a Escárcega) 236 mil 031 árboles.

El destino de estos árboles talados ha generado controversia, ya que el gobierno federal ha informado que fueron troceados y triturados para utilizarlos como material de arrope de taludes a lo largo del derecho de vía del tren. Además, en agosto de 2023 se señaló que los restos fueron ubicados en sitios temporales o acamellonados en el talud de terraplén.

Aunque Fonatur Tren Maya aseguró que por cada árbol talado se sembraría otro, e incluso más, no se ha proporcionado información detallada sobre cuántos árboles se han plantado y cuál es su tasa de sobrevivencia. Este hecho ha generado críticas por parte de ambientalistas, especialmente en el Tramo 5, donde se han reportado daños a cuevas, cenotes y acuíferos. A pesar de ser el tramo más corto, con solo 111 kilómetros, ha sido objeto de fuertes cuestionamientos debido a su impacto ambiental.